動盪的幕府末期，各方爭鳴的渾沌年代，千人斬拔刀齋以其萬夫莫敵的飛天御劍流活躍於暗殺界。但隨著新時代的來臨，拔刀齋立下不殺之誓，從此隱姓埋名浪跡天涯。
明治11年，一名自稱拔刀齋的男子隨意斬殺路人，造成人心惶惶。繼承了神谷活心流道場的女孩神谷薫，魯莽的挑戰對方，危急之下被自稱緋村劍心的神祕男子所救，小薫留下劍心在道場修練，卻意外發現眼前的落魄浪人，竟是貨真價實的「千人斬拔刀齋」。